סנטה קרוז (Santa Cruz)
​זהו האי השני בגודלו בקבוצת האיים המהווה את המרכז הכלכלי והמסחרי של האי מסביב לעיירה הקטנה פוארטו איורה (Puerto Ayora). כאן נמצאת תחנת המחקר על שם דארווין המהווה חלק בלתי נפרד מכל מסלולי השייט והביקור באיים. בתחנה, אליה מגיעים חוקרים מכל העולם, מתנהל השימור והמחקר באיים, וניתן לראות בה את צבי הענק הגדולים אשר נתנו לאיים את שמם. כאן גם נמצא מרכז הרביה של הצבים, בו גם ניתן לפגוש את “ג’ורג’ הגלמוד”, צב זכר, היחיד שנותר מכל בני מינו.

מן העיירה פוארטו איורה ניתן להגיע בכביש סלול עד לחלקו הגבוה של האי ולהתרשם מן היער והצמחיה הסבוכה באזור זה, המקבל כמות גדולה יחסית של גשמים, והמהווה ניגוד בולט לנוף היבש המאפיין את חלקו הנמוך של האי והאיים הקטנים יותר. כאן, בינות מרבדי העשב הירוקים, ניתן לפגוש מין נוסף של צב, בעל השריון דמוי הפעמון, החי לו בחלקיו הגשומים יותר ועשירי הצמחיה של האי. בין תופעות הטבע המיוחדות לסנטה קרוז, נמצא את מנהרות הלבה הגדולות שנוצרו בזמן הפעילות הגעשית באיים, ושניתן אף ללכת בתוכן. אטרקציה נוספת למבקר באי הם “המכתשים התאומים”, שני לועות וולקניים הנמצאים זה מול זה והמוקפים בצמחיה ירוקה ויפה, בעיקר של עצי סקלסיה.

פלוריאנה (Floreana)
זהו אחד המעניינים שבאיים, בין היתר הודות להיסטוריה של ההתישבות בו, כבר בשנות ה-30 של המאה ה-20. אחת האטרקציות כאן היא פונטה קורמורן (Punta Cormorant), עם מסלול הליכה שמוביל את המטיילים מן החוף החולי הכהה בו נוחתים, ללגונה מלוחה בה ניתן לצפות בציפורי פלמינגו כשהם עומדים במים ותופסים סרטנים. הלגונה היא מקום טוב לתצפית בציפורי מים כגון ברווזים ותמירונים, ובהמשך השביל, מעבר לגבעה, מגיעים אל חוף לבן המורכב משברי אלמוגים בו מטילים את ביציהם צבי הים הירוקים. בפלוריאנה נמצא גם “מפרץ בית הדואר”, מקום הקשור בהיסטוריה ובפולקלור של האי.

חבית גדולה אשר הציבו ציידי לוויתנים במאה ה-18 שימשה כתיבת דואר ליורדי הים שעברו באיים, וכל ספינה שחזרה הביתה, נהגה לאסוף את המכתבים שהושארו כאן. מסורת זו נשתמרה עד היום כך שגם תייר מזדמן, רואה חובה לעצמו להשאיר פה מכתב ולקחת את המכתבים שהשאירו קודמיו, למרות שאת החבית המקורית כבר החליפו מספר פעמים… לא רחוק מחופי פלוריאנה נמצא אחד מאתרי הצלילה והשנורקלינג הטובים בגלפגוס. זהו “כתר השטן”, קצהו של הר געש כבוי אשר לועו הפך לשונית אלמוגים המושכת אליה דגים רבים ובע”ח ימיים אחרים. זהו אחד מאתרי הצלילה והשנורקלינג הטובים בגלפגוס ובדרך כלל כלול במסלולי השייט של האיים.

אספניולה (Espanola)
זהו אחד האיים המבודדים בגלפגוס אך למרות זאת נחשב לאטרקטיבי במיוחד בגלל מגוון בע”ח הגדול שבו, שחלקו ייחודי לו. בפונטה סוארז (Punta Suarez) נמצא את אלבטרוס הגלפגוס המרשים (מאפריל עד דצמבר), שהתנהגות החיזור שלו, על ידי הקשת המקורים זה בזה, היא מן המרשימות בטבע. כ- 10,000 זוגות מקננים כאן בעונה. כמו כן מושבות של הסולה (בובי) כחולת הרגל וסולת המסיכה, נץ הגלפגוס, פרושי דארוין, שחף זנב הסנונית וציפורי חוף אחרות. בנוסף נמצא גם אריות ים, איגואנות ימיות ולטאות לבה. אחת התופעות המרשימות הן ה”גייזרים”, סילונות גדולים של מי ים הפורצים להם לגובה דרך חורים וסדקים בסלעי הלבה. מפרץ גארדנר (Gardner Bay) הוא חוף רחצה מצוין למי שמעוניין בנופש על החוף, וניתן לפגוש כאן באריות ים המשתזפים בשמש. הסלעים שמול החוף מהווים אתר צלילה טוב.

סן קריסטובל (San Cristobal)
נתיב השיט ליד סן קריסטובל עובר ליד האי הקטן “ליאון דורמידו” (“האריה הישן”) שאינו אלא קצהו של הר געש העולה מתוך הים בקירות תלולים. מראה הספינקס הענק המנמנם לו באמצע הים העניק לאי הקטן את שמו. למרגלות מצוקיו הצלולים ניתן לראות מושבות של אריות ים ועל קירותיו שפע של ציפורים ימיות. המקום יפה במיוחד לקראת שקיעה. כשעה של שייט מצפון לסן קריסטובל ניתן להגיע לאי הקטן לובוס (אי “אריות הים”). כמשתמע משמו, ניתן לראות כאן אריות ים רבים השוכבים להם על חופי הלבה הכהים. המקום משמש גם כמקום קינון של הסולה (בובי) כחולת הרגל ופריגטות. המפרצון הקטן מהווה מקום טוב לשנורקלינג.

סנטה פה (Santa Fe)
לאי יש את אחד המפרצונים היפים ביותר בארכיפלג, עם מימי טורקיז צלולים והמוגן על ידי חצי אי מוארך המורכב משורת סלעים ואיונים. האי הוא תוצר של פעילות הרמה טקטונית וניתן לראות בו את אחד ממיני האיגואנות היבשתיות, צבי ים, נצי גלפגוס, אריות ים ומרשימים לא פחות הם שיחי הצבר שנראים כאן כעצים גבוהים לכל דבר.